En utilisant le fonction de cryptage appropriée: md5.
Engeristre ton fichier Excel au format cvs (fichier texte avec séparation des champs par un ";")
En PHP, ton script:
1/ ouvre ce fichier (cf. un tutoriel PHP pour savoir comment faire)
2/ récupère les différents champs (nom, mot de passe...) en se servant des séparateurs ";" comme marque de repère
3/ insère ces données dans la base en passant les mots de passe au travers de la fonction approprié (cf. ci-dessus: md5)